战国时期，秦国用“籀文”（大篆），而东方六国各有自己的文字，汉代人称之为“古文”。先秦典籍多用“古文”书写流传，在秦代被禁绝，至汉代复出，一些学者用当时流行的隶书转录或抄写这些典籍，于是便有了“今文”本。学习研究与传布不同的文本，便成为不同的学派。《孝经》也有今文和古文之别，今文有郑注，古文有孔传，历史上斗争十分激烈。

今文《孝经》，据《隋书·经籍志》说：“遭秦焚书，为河间人颜芝所藏。汉初，芝子贞出之，凡十八章，而长孙氏、博士江翁、少府后仓、谏议大夫翼奉、安昌侯张禹皆名其学。”又说：“至刘向典校经籍，以颜本比古文，除其繁惑，以十八章为定。郑众、马融并为之注。又有郑氏注，相传或云郑玄，其立义与玄所注余书不同，故疑之。”

而古文《孝经》，据《汉书·艺文志》和《说文解字·叙》说，武帝时，鲁恭王得之于孔子故居的墙壁之中，同时发现的还有《尚书》、《论语》、《礼记》等数十篇古文典籍。许慎之子许冲在《上〈说文解字〉表》里却说：

慎又学《孝经》孔氏古文说。古文《孝经》者，孝昭帝时，鲁国三老所献。建武时，给事中议郎卫宏所校，皆口传，官无其说，谨撰具一篇并上。

段玉裁在《说文解字注》里解释说，这是因为汉武帝时发现的壁中书，孔安国只献出了古文《尚书》一种，所以才有昭帝时鲁国三老献古文《孝经》之事。

《汉志》又收录有“《孝经》古孔氏一篇，二十二章”。颜师古注曰：“刘向云：古文字也。《庶人章》分为二也，《曾子敢问章》为三，又多一章，凡二十二章。”最早提到孔安国为古文《孝经》作传的是王肃的《孔子家语后序》。而后，《隋志》也记载了孔传流传的情况，说古文《孝经》与古文《尚书》同出，“孔安国为之传。……梁代，安国及郑氏二家，并立国学，而安国之本，亡于梁乱。陈及周、齐，唯传郑氏。至隋，秘书监王劭于京师访得孔传，送至河间刘炫”。刘炫为此作了《议疏》，但一些儒者怀疑这是刘炫伪造之作，非孔安国旧本。

关于《孝经》今文与古文，郑注与孔传的一次大论争发生在唐开元七年（719）。当时，唐玄宗诏令群儒质定《孝经》。左庶子刘知几主张行用古文，国子祭酒司马贞则指斥孔传“文句凡鄙，不合经典”。结果，玄宗最后裁定：“郑仍旧行用，孔注传习者稀，亦存继绝之典。”开元十年（722），唐玄宗参用孔传、郑注以及韦昭、王肃、虞翻、刘劭、刘炫、陆澄等人的注解，以今文《孝经》为底本，作了“御注”。天宝二年（743），玄宗又作了增补修订，重注《孝经》，并刻石颁行天下。

五代之乱，郑注与孔传都亡佚了。北宋时，日本奈良东大寺高僧奝（diāo）然出使中国，所献古书有《孝经》郑注，其事约在太宗雍熙元年（984）。大概到北宋末年，《孝经》郑注又在战火中佚失。

唐以后，《孝经》今、古文之争仍在延续。北宋王安石用今文作《孝经解》，司马光则从国家书库里找到一个古文本，作了《古文孝经指解》。后来，朱熹以古文本为依据，把《孝经》分割为经、传两个部分。元代吴澄则用类似的方法，以今文本为依据，分《孝经》为经、传。清代，顺治帝《御注孝经》、雍正帝《御纂孝经集注》及康熙时颁行的“满汉合璧本”《孝经》都用今文。总的说来，唐以后《孝经》传播的大势是今文占主导地位，而古文也代有传人。