明清松锦之战，是关系到明清双方生死存亡的决战。崇德六年（）六月，鳌拜随郑亲王济尔哈朗围锦。明蓟辽总督洪承畴率十三万大军来援，立营松山西北，攻击清营，明锦州守将祖大寿亦遣兵出，夹击清军。济尔哈朗指挥右翼失利，“两红旗，镶蓝旗驻营之地，为敌所夺”。武英郡王阿济格指挥左翼，遣精锐护军助战。鳌拜统领镶黄旗护军，见明骑兵自松山出，奋力迎击，大败明军。遂后不等军令，乘胜追击，直抵明军兵列，命令部下下马步战，冲入敌阵，再败明军鳌拜往来接战，辄当先陷阵，五战皆捷，因功由三等梅勒章京擢为一等梅勒章京。八月，皇太极倾全国之师，亲率援锦，夺明军笔架山军粮，断其归路。二十一日晚，洪承畴指挥明军分路突围。鳌拜奉命率清军左翼，截击突围明军，明总兵吴三桂、王朴、唐通等率马步兵沿海边突围，鳌拜率军追击，明军溃败，被全部驱赶入海溺死。经此一战，明军损失大半，败局已定。布库·塞宴四事图崇德七年十一月，鳌拜又随饶馀贝勒阿巴泰，毁边墙入掠明境，他指挥本旗兵率先攻破明长城防线，然后，长驱直入，进逼燕京。不久随左翼攻掠至山东，攻陷兖州府及临清、汶山诸县，两路清军复会合于密云，再败吴三桂、范志完援军。崇德八年（）六月由墙子岭斩关而出。这一次战役，清军共攻陷明内地城池八十八座，生擒明鲁王朱衣佩等共六王，明宗室死者千余人，掠掳人口三十六万余口，牲畜数十万头，金银财物不计其数。明人说：“清军壬午年（崇祯十五年，崇德七年）之人，直走青齐，及淮而止，所至屠掠一空，祸为至剧……国力耗竭，而事不可为矣。”十月，叙功，鳌拜由一等梅勒章京擢为三等昂邦章京，并受到皇太极非常优厚的赏赐。

功高受抑

崇德八年八月初九，清太宗皇太极突然病逝。满洲贵族内部因皇位继承问题，出现了截然不同的意见，并引发了一场斗争。睿亲王多尔衮与皇太极长子肃亲王豪格是皇位的主要争夺者。诸王兄弟有的人支持多尔衮，有的人拥立豪格。两黄旗大臣，坚决拥立豪格。镶黄旗护军统领鳌拜是主要的带兵将领，是参与这场斗争的主要人物之一。

他和黄旗大臣索尼、图赖、图尔格、谭泰、塔瞻等八人，前往豪格家密谋计议，欲立肃亲王为君。又与索尼等人“共立盟誓，愿死生一处”。白旗诸王则力主立多尔衮，双方坚持不下，鳌拜等严加戒备，密令“兵丁守门”。八月十四日，多尔衮在崇政殿召集议立嗣君会议，当日一早，鳌拜与黄旗大臣盟于大清门，誓立皇子，并下令精锐护军“张弓矢，环立宫殿，然后到崇政”，摆出兵戎相见的阵势。在会议过程中，当争论不决时鳌拜与皇太极手下两黄旗将领之辈佩剑而前曰：“吾辈食于帝，衣于帝，养育之恩与天同大，若不立帝之子，则宁死从帝于地下而已。”实则胁逼多尔衮拥立皇子。多尔衮迫于形势，折中提出拥立皇太极第九子六岁的福临即位，由他和郑亲王济尔哈朗共同辅政。这一方案遂为双方所接受。福临即位，改明年为顺治元年（）。

多尔衮摄政后，数月之间集大权于一身，擅权自专，打击政敌豪格及其支持者，分化黄旗大臣，附己者加官进爵，重赏重用，其不附己者则遭到冷遇或压制。鳌拜不附多尔衮，因而屡遭摧抑。

顺治元年三月，李自成攻占北京，崇祯帝自缢。四月，多尔衮率大军入关，吴三桂开关迎降。五月初二，清军入北京。鳌拜本是骁将，却未参与入关之役，奉命与济尔哈朗留守盛京。九月鳌拜随顺治帝福临由沈阳至北京。十月初一，福临定鼎燕京，以鳌拜效忠朝廷、勤于政务和英勇杀敌之故，由三等昂邦章京擢为一等昂邦章京。同月，鳌拜随靖远大将军英王阿济格取道陕北，进攻退守西安的李自成大顺军另一路清军，由豫亲王金铎率领由潼关攻西安，两路夹击。阿济格、鳌拜一路由内蒙进入陕北，攻下四城，逼降三十八城。第二年正月十二日，多铎攻破大顺军潼关防线，十八日进逼西安。当时，阿济格、鳌拜一军亦已南下，李自成乃弃西安，由商州经河南向湖广撤退。多尔衮命多铎“仍恪遵前旨，往定南京”，命阿济格“仍遵前旨，将流寇余孽，务期剿除”。阿济格奉命穷追大顺军。鳌拜等分翼出师，水陆并进，于河南邓州，湖北随州、德安、武昌、富池口、桑家口等地与农民军进行了十三次战斗，重创大顺军。六月，追及李自成于湖北通山县，李自成在九宫山遇害，大将刘宗闵被俘杀。明南宁侯左良玉子左梦庚率十二总兵，马步兵十万及大小船只四千余在九江投降。清军攻下河南、湖北、江西、南京所属六十三城。鳌拜虽屡战屡捷，但却并未因大功受赏，反而获罪受罚。

同年八月，阿济格因未遵旨立即班师，并且因奏报尽歼大顺军情形不实，命议处。阿济格是多尔衮之兄、顺治帝福临的叔父，为人粗暴专横，蔑视年幼的福临，称他为“孺子”，并且传令正黄旗固山额真谭泰会同护国统领鳌拜把英王“称上为孺子”的话向众人传布。谭泰徇王情面，并不集众传示。鳌拜听信谭泰之言，“不行集众传示谕辞”，法司议罪：“罚银一百两，此番大功不准议叙。”索尼憎恨谭泰背弃当年盟誓，党附多尔衮，讦告其“违旨背君”。谭泰革固山额真任，谭泰亦讦告索尼。鳌拜因庇护索尼，又一次获罪，几乎被革职。黄旗大臣从此矛盾加剧，鳌拜、索尼、图赖等与谭泰的嫌隙越来越深。

顺治三年正月，鳌拜、图赖讦告谭泰于分道攻取西安时，曾遣人谓图赖曰：“我军以道路远险，是以后至，南京可让我军取之。”谭泰为邀军功不择手段，鳌拜、图赖等认为应该把谭泰处死，多尔衮下谭泰于狱，意在庇护，而对不附己之鳌拜等则更加摧抑。

同年，鳌拜又随承靖远大将军肃亲王豪格往征四川张献忠大西军。三月，豪格抵西安五月，向汉中进发。当时原李自成部将后降清复叛的贺珍，有众二万余，围汉中府。鳌拜与多罗贝勒尼堪等大破贺珍，把他一直追到湖南。十一月，清军至四川南充县，时张献忠弃成都率全军北上抗清，列营凤凰山。鳌拜率精锐护军为先锋，由降清的张献忠部刘进忠作为向导，清军侦骑直抵大西军营前。张献忠于仓促中“随即骑马出营，未穿盔甲，亦未携长枪，除短矛外，别无他物，同小卒七八名并太监一名奔出营外，探听满兵虚实”，与清军侦骑遭遇，叛徒刘进忠“认明果是献忠，满兵即发箭射之”，大西军大乱。豪格奏报说：“鳌拜等奋击，大破之，斩献忠于阵。臣至，复分兵四出，破贼营一百三十余处，斩首数万级，获战马一万二千二百余匹。”清军分路追击溃退的大西军。鳌拜与李国翰等追至遵义、夔州、茂州。四川荣昌、隆昌、富顺、内江、资阳等州县均为清军攻占。大西军遗部在孙可望、李定国率领下退入云贵，继续抗清。